20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
继第一部危机解除后,主人公莫麟找回新的能源恢复往日星球生机。但好景不长,莫麟以天选者的身份再次感应到了祖先天工的指示。莫麟等人从四圣兽口中得知,海文星球将再次面临历史性的考验,一座上古时期的混沌古城,由于凶兽叛乱,使其脱离了原有的运行轨迹,正在向海文星球快速驶近。
永井豪原作のヒーローが競演するマジンガーシリーズ劇場オリジナル作品第5弾。今回は、グレートマジンガーが敵の手に落ち、タイトル通りの2大ロボットの対決を堪能できる。グレンダイザーを倒すため、ベガ星連合軍のバレンドス親衛隊長が地球へと送りこまれてきた。宇宙科学研究所の兜甲児は、単身、バレンドスに立ち向かうが、円盤獣ジンジンによって捕らわれてしまう。甲児を脳波探知機にかけ、グレートマジンガーの存在を知ったバレンドスは、ロボット博物館を急襲。グレートマジンガーを奪取するのだった。
行方を絶った海底調査船バチスカーフの捜索に乗り出した早乙女博士の要請により出動したゲッターチームは海中で巨大な怪物と遭遇する。それこそがバチスカーフを沈め、次々と航行中の船舶を襲っていた元凶ドラゴノザウルスだった。 脅威となる大海獣を倒すべく急遽グレンダイザー、グレートマジンガー、ゲッターロボGの三体にダブルスペイザー、ビューナスA、ダイアナンAを加えた「ロボット軍団」が編成される。しかし、仲間外れにされ功名に逸り抜け駆けしたボスボロットがドラゴノザウルスに呑み込まれてしまい、迂闊に攻撃できなくなる。果たしてロボット軍団は強敵ドラゴノザウルスを倒せるのだろうか?