2005年日本的冲绳,被宫城乔治收作养女的高中生音无小夜,每天过着平静的日子。她唯一所缺少的是一年多以前的记忆,而平静的生活也因神秘的吸血智慧生物“翼手”的出现开始改变。 而哈吉则是一位身着黑色的衣服,演奏大提琴的谜样青年。当他将一把与小夜命运与共的武士刀交给少女小夜之时,历史的车轮终于开始滚动。 故事以小夜和翼手之间的战斗以及追寻小夜的身世之谜为主线,讲诉了小夜等人在世界各国的冒险经历,大致可分成冲绳篇(1话-7话、14、15话)、越南篇(8话-13话)、俄罗斯篇(16话-19话)、法国篇(20话-32话)、英国篇(33话-40话)和美国篇(41话-最终话)六个部分。
教廷巡行神父亚伯‧奈特罗德表面上是个冒失鬼,实际上却是有“吸血鬼猎人”之称的Ax派遣执行官,负责到不同地方调解吸血鬼事件。在这个黑暗混乱的时代,教廷和真人类帝国互相对峙,加上蔷薇十字骑士团的恶意挑拨,亚伯可以维护“长生种”和“短生种”的共存吗?为了赎罪而努力奋斗的男子,心底有着难而磨灭的伤痕……